Carolina, los datos se almacenan en las tablas vga_xxxxx, las tablas vga_temp_xxx son para el proceso de importación, son tablas temporales que se utilizan para almacenar temporariamente los datos de los archivos ASCII. Terminado el proceso de importación esos datos se pasan a las tablas vga_xxx. Al momento de generar una solicitud, se ve si se pueden traer los datos de estas tablas vga, o bien de solicitudes anteriores.
Respecto de la importación, es rarísimo, la verdad que no sé qué decirte, ni qué podés probar. Probastes hacer una instalación nueva en otra máquina (sobre todo base de datos), y ver qué pasa con la importación?