Hola Mauricio,
¿Probaste accediendo desde el browser con tu usuario y clave a la URL http://repositorio.siu.edu.ar/svn/guarani/branches/3.0.0_uunn/BD/Diferenciales/000003.sql?
Parece ser un problema de permisos. ¿Tu instalación es sobre Linux? ¿Qué cliente de Subversion estás usando? Desde Toba se recomienda Slik SVN (http://www.sliksvn.com/en/download/). Fijate que en este post http://foro.comunidad.siu.edu.ar/index.php?topic=4559.msg18091 alguien tuvo inconvenientes usando Wandisco.
Saludos, Florencia.