Estoy respondiendo un poco tarde, pero quizás pueda ayudar a personas que están en la misma situación.
Para que ComDocIII pueda enviar e-mails a una cuenta de GMail, tuve que instalar en la máquina donde corre ComDoc, un serivicio de Postfix. Para eso seguí este tutorial al pie de la letra y andubo sin problemas:
http://yaui.me/postfix-gmail-smtp-server-relay-ubuntu/
Luego, en el archivo comdoc.properties, puse la siguiente propiedad:
comdocII.mail.smtp=localhost
Reinicié el JBoss y listo.