Hola Victor,
lo que les va a resultar más conveniente es dar de alta dos habilitaciones diferentes para el mismo grupo de alumnos.
Esto pueden hacerlo para la misma encuesta, o para hacerlo más claro podrían duplicar la encuesta incluyendo el nombre del profesor, o algún dato extra en el nombre de la encuesta que ayude al alumno a diferenciarlas.
Saludos.