Hola Pablo!
Vamos por partes.
El comando "guarani esquema_pers conflictos", lo que hace es comparar la BD original (por defecto esquema toba_guarani) con los metadatos personalizados modificados exportados y traducirlo un poco añadiendo además, la calidad del error (fatal, reparable, etc..). Ahora bien, los conflictos entre metadatos modificados por diferentes desarrolladores, se resuelven a nivel de sistema de archivos y luego se importan todos juntos nuevamente a la BD.
Lo que seguramente te esta pasando es que debes desactivar las personalizaciones, volver a iniciarlas y luego importar todos los metadatos personalizados (los tuyos y de otros desarrolladores mezclados nuevamente). Es un poco complicado y difiere del modo de trabajo normal de toba (con los metadatos originales) pero es la manera en que Toba soporta personalizaciones.
Para clarificarlo un poco mas va un ejemplo:
Supongamos que vos tenes instalado el sistema y queres desarrollar una personalizacion. Entonces lo que debes hacer es iniciar el esquema de personalizaciones modificar lo que desees y luego hacer un "guarani esquema_pers exportar" que lleva tus cambios al sistema de archivos (guarani/personalizaciones/metadatos). Supongamos que otro desarrollador, al igual que vos tamvien desarrollo otra personalizacion procediendo de igual forma y subiendo esto al SVN. Ahora bien, si vos queres incorporar esas personalizaciones, lo que debes hacer es:
1 - guarani esquema_pers desactivar
Se debe desactivar el esquema de personalizaciones para luego importar todas las personalizaciones juntas, las tuyas y las nuevas traidas del repositorio.
2 - svn up
Para traer las personalizaciones subidas por el otro desarrollador.
3 - guarani esquema_pers iniciar
Vuelve a clonar la BD original sin metadatos modificados.
4 - guarani esquema_pers conflictos
Comando requerido previo al "importar" para verificar conflictos entre los metadatos actuales y los personalizados.
5 - guarani esquema_pers importar
Para incorporar todos los metadatos modificados de personalziaciones entre desarrolladores mezcladas y resueltas en sistemas de archivos al esquema de personalizaciones del sistema. Este comando preguntara por los errores leves detectados dando la opcion de continuar y fallara si existen comandos fatales.
Un ultimo comentario acerca de los errores fatales registrados.
No deberian existir salvo secuencia de comandos erroneas. Por ejemplo, regenerando la BD original con metadatos personalizados o algo por el estilo. En estos casos, lo que te recomiendo es que desactives y vuelvas a iniciar el esquema de personalizaciones y trates de importar las personalizaciones nuevamente.
Espero se entienda.
Te paso un par de links a la doc. existente para que chequees.
http://repositorio.siu.edu.ar/trac/Portal-G3/wiki/ConsideracionesTecnicas#Personalizacioneshttp://toba.siu.edu.ar/trac/toba/wiki/Referencia/PersonalizacionesSaludos,
Gonza