Hola Luis,
Me paso algo similar probando en linux, pero como no habia podido configurar bien mi token-usb en ubuntu (terminaba reconociendolo como dispositivo usb pero no los softs firmadores) pense que era un problema de drivers especifico del token.
Ahora armo un build linkeando los .so que mencionaste, tenes el path completo? mas alla que no sirva para otras instalaciones, al menos sacarnos la duda si el problema realmente es la inclusión del .so
¿Cómo comprobas que los drivers de tu token estan correctamente configurados? ¿Aladin provee un soft particular?