El instalador se puede usar en cualquier instancia, aunque si van a realizar personalizaciones es conveniente instalar Toba y luego cargar el proyecto Pilagá, que entiendo fué lo que terminaron haciendo en desarrollo.
Que versión de Toba instalaron?
Si, entiendo que sí, aunque me llama la atención el path que les quedó, se asemeja mucho al path que genera el instalador, cuando instalás Toba y luego cargás proyectos el path donde quedan los proyectos debería ser
$toba_dir/proyectos/
Te consulto, piensan personalizar Mapuche y Arai?
Si la respuesta es sí opción 1 (Mapuche usa Toba 1.5, consultar con el foro Técnico de Mapuche respecto a este tema)
Si la respuesta es no, pueden instalar Mapuche y Arai con instalador.