Hola Carolina,
Lo que debes modificar (o mejor dicho setear) es una variable de entorno para poder decirle al SIU-Toba que la carpeta de instalación del proyecto SIU-Arai esta en otro directorio.
Los pasos a seguir son los siguientes:
En la consola de Linux ejecuta lo siguiente:
export toba_instalacion_dir={ruta_al_arai}/instalacion
Si no me equivoco en tu caso es:
export toba_instalacion_dir=/usr/local/siu/arai/instalacion
Luego de esto ya deberías poder ejecutar el comando toba sobre el proyecto SIU-Arai, por ejemplo:
/usr/local/siu/arai/toba/bin/toba servicios_web generar_cert -p arai -i produccion
Vamos a proceder a modificar la documentación para contemplar este problema.
Saludos, y por favor comentanos como te fue.