Buenos días Alfredo.
En principio no se debería eliminar ningún registro de dicha tabla ya que en ella quedan todos los registros. Cada uno de ellos posee un campo para indicar si se creó o no el encuestado, así como también una descripción del error que se produjo en el caso de uno con error (que coincide con la columna Resultado Procesamiento del cuadro).
Por otro lado, es cierto lo que mencionas acerca de la limitación. Para incrementar el límite de la cantidad de variables de entrada que trae el formulario y que pueden ser aceptadas lo que podes hacer para salir del paso es ampliar de 1000 a 2000 la variable max_input_vars en el php.ini y reiniciar apache. De esta manera te debería funcionar para la cantidad de registros que tenes en tu caso.
Saludos.
Germán.