Diego,
No hay problemas en tenerlos en la misma base. Igual, como siempre, ante cualquier modificación a la BD con hacer un buckup ya te cubrís de cualquier cosa.
Dependiendo de como/cuanto quieran procesar los resultados pueden crearse algún script (php, phyton). Este script podría importar los esquemas a una base propia (pg_dump/restore) y ahi hacer las consultas, o directamente conectarse con una y otra base, pedirle los datos, guardarlos con la estructura que elijan y de ahi hacer las consultas. También podrían hacer todo en memoria (tendrían que hacer el ‘join’ en el script, es fácil, solo que mas lento).
De ahí para arriba, pueden agregar tanto procesamiento como necesiten. Personalmente, les sugeriría empezar por el esquema más simple que les sea suficiente. Vayan contándonos que camino toman y los ayudamos/seguimos, es probable que a futuro debamos agregar algún servicio web/librería para facilitar esto.
¿Tienen algún requerimiento definido respecto al procesamiento de los datos? Van a publicar las encuestas, las van a importar a algún otro sistema para analizarlas, etc?
Gracias,
Saludos
Alejandro