Hola Luis,
No tengo en estos momentos ninguna instancia ldap como para hacer pruebas, pero lo que se necesita hacer es personalizar el archivo aplicacion/php/librerias/extension_usuario.php y adaptar el método autenticar(). El proceso de validación del usuario se da desde la línea 24 hasta la 50 inclusive.
De cualquier manera, la integración con ldap no es simple pues el SIU-Diaguita requiere de la existencia de los usuarios en la tabla scp_ususarios. Lo que mas les puede significar trabajo es mantener la sincronización de usuarios entre dicha tabla y la fuente de autenticación (Ldap, SSO, etc).
Espero sea de utilidad, saludos!