Hola Martin,
me parece que si necesitas incluir un JS para todo el proyecto… lo que deberias tener es un tipo de pagina propio donde puedas incorporar dicho elemento. El punto de acceso no es el lugar indicado para ello.
Por otro lado, los consumos basicos siempre estan en relacion a la direccion base de toba, ya que se considera que parten de alli.
Lo que podes hacer para incluir el JS de tu proyecto, es lo siguiente:
$datos = toba::proyecto()->get_www('js/nombre_archivo.js');
echo toba::js()->incluir($datos['url']);
Saludos