Hola Carolina,
El ei_arbol($logo) te retorna el array correspondiente? con el path y la url?
Así, creo que debería funcionar.
$logo = toba::proyecto()->get_www_temp('Manual_Usuario_Trazabilidad.pdf');
echo "<div align='center' class='cuerpo'>Presione<a href='".$logo['url']."'> Aqui</a>";
echo "</div>";