Juan Carlos:
Por el trabajo que yo hago no puedo opinar mucho, ya que sé poco de Linux. Pero ya que te dirigiste a mi, lo que te puedo comentar es que, siguiendo los foros, creo que nadie te puede garantizar una instalación sin problemas con ninguna versión concreta de Linux, me da la impresión que muchos (no sé si todos, es difícil decirlo) han tenido algún problema y con distintas distribuciones.
En mi equipo, lo técnicos han trabajado con Centos y con Debian, y con ambas han tenido distintas dificultades, que bien pueden haber sido desconocimiento o quizás olvido de instalar alguna cosa. Lo que si te puedo afirmar también es que superadas las dificultades todo funciona OK. O sea, nadie te puede garantizar que no tengas dificultades. Sólo hay que atravesarlas con los instructivos y la ayuda del foro. Lo que te podrían decir cada uno aquí es que usó cada uno y que dificultades tuvo, pero eso sería muy largo.
Y sin que esto signifique abrir un debate, veo que las instalaciones en Linux, cualquier distribución y versión, no son como en Windows que disparás un instalador y le das siguiente en cada paso y queda instalado. Obviamente cada cosa tiene sus pro y sus contras.
Quizás lo que te convenga es usar la misma distribución y versión que estén utilizando en el SIU para desarrollar, ya que seguramente conocen bien las dificultades que te puedan aparecer.
Saludos
Gustavo