Hola Agustín, te explico bien como seria la metodología para personalizar en el repositorio:
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Se personaliza sobre la versión que proporciona el SIU (la que esta en “gestion/trunk/3.10.0”) siguiendo esta documentación.
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Una vez que terminas de personalizar y tenes código estable (previo testeo) sacas una versión de 4 dígitos en la carpeta versiones (seria “gestion/versiones/3.10.0.1”).
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Luego NO hay que seguir personalizando NI tocar código fuente en “gestion/versiones/3.10.0.1”, en caso de querer corregir algo o agregar nuevas funcionalidades hay que seguir trabajando en el trunk (“gestion/trunk/3.10.0”), y una vez terminado y testeado dichos cambios/mejoras se saca una nueva versión (seria la “gestion/versiones/3.10.0.2”), y así sucesivamente.
Osea, tu copia de trabajo debe siempre apuntar al trunk “gestion/trunk/3.10.0” y la aplicación en producción debe apuntar a la versión estable “gestion/versiones/3.10.0.1”.
Anda siguiendo la documentación que te puse arriba y cualquier cosa no dudes en preguntar.