Hola, claro, los archivos con “?” no son subidos cuando haces “svn commit”, para que se suban al hacer commit tenes que hacer un “svn add” previamente.
Acá te paso la documentación del comando “svn st”.
Igualmente si usas algún IDE como ser NetBeans, eclipse o PhpStorm ya te traen la opción de commitear desde el IDE y elegir los archivos a incluir/excluir.
saludos.