Hola Agustín,
Si hacés una instalación desde cero para poder después utilizar la BD de negocio actual vas a tener que migrarla (comando ‘guarani migrar_base’). En cuanto a la carpeta ‘personalizacion’ podrías copiar los archivos propios pero no reemplazar la carpeta completa porque hay algunas clases nuevas que agregamos desde el SIU.
Me parece mejor igualmente actualizar la instalación. Si querés decime con qué problemas te encontraste y los vamos viendo.
Saludos, Florencia.