Hola Agustín,
Antes que nada, confirmame si tu escenario es como describo, así comprendo bien de donde partimos y te puedo ayudar, o si me falta algún dato relevante: tenés una instalación de desarrollo en versión 3.9.0, y querés hacer una nueva de 3.10.1, pero apuntando a la base de negocios de que tenés en la anterior. Actualmente, tenés hecho el checkout de la 3.10.1 y estás por iniciar el proceso de instalación.
De ser así, los pasos a seguir son un tanto híbridos, y deberán ser ejecutados con sumo cuidado y entendiendo lo que está sucediendo en cada uno.
Además, te consulto qué sistema operativo estás usando.
Saludos,
Fernando