Me quedo colgado la respuesta de este tema. IE y Firefox serian los recomendados.
Al menos con el token que tengo yo (IDProtect) no lo habia podido hacer andar en linux, asi que la plataforma recomendada seria windows, aunque eso depende del token que usen supongo.
Chrome dejo de soportar Applets Java desde la version 45
¿Con que navegadores estan teniendo problemas?