Buenas. Hace poco estuve viendo exactamente lo mismo. La documentación está desactualizada y presta un poco a confusión.
Lo que se plantea es usar internamente el flow guarani exportar, svn update y guarani regenerar. Mismo entre miembros del equipo y un eventual paso a producción.
El día que decidamos actualizar la versión de Guaraní, ahí sí deberíamos hacer el guarani esquema_pers exportar. De esta forma exportamos los metadatos a la carpeta personalizacion y es la única carpeta que mergeamos con la nueva versión de Guaraní. Una vez todo mergeado sí hacemos un guarani esquema_pers conflictos/importar. Cuando tenemos esto los metadatos ya están en la BD, faltando únicamente hacer un guarani exportar para bajarlos nuevamente a la carpeta metadatos y que el resto del equipo pueda trabajar normalmente con la versión actualizada.
Saludos!
PD: perdón Fernando, no había visto tu respuesta, corregime si escribí algo mal, saludos