Buen día Franco.
El proceso de actualización de versión actualiza una instalación existente, por lo tanto se debe hacer sobre la instalación que ya tienen (3.1).
Si desean cambiar el servidor, tendrían que pasar la implementación actual al nuevo servidor. Luego sí podrán actualizar a 3.5.2 para finalmente llegar a la 3.6.
Otra posibilidad es dejar todo en el servidor original, y pasarlo al nuevo una vez actualizada la versión.
En cualquier caso el pasaje de un servidor a otro es algo que deberán realizar ustedes manualmente.
Saludos,
Myriam