Marisa, evidentemente el archivo ya se genera con los caracteres mal interpretados.
Estuve haciendo pruebas locales y detecto que con versiones nuevas de php ( 5.4 o superior) se está produciendo este inconveniente. Han actualizado alguna versión de los componenes requeridos por SIU-Diaguita?
En particular, nos estamos viendo afectado por este cambio a la función html_entity_decode. Te pido por favor reporten vía GDS el bug para que se pueda soportar PHP 5.4 o superior con Diaguita (hasta ahora, lo recomendable es 5.3 por estas cuestiones).