Hola Sonia,
lo primero que se me ocurre si es que estas viendo el contenido del archivo por pantalla, es que el browser no este identificando correctamente lo que recibe, lo que podria derivar de un header que no se envia correctamente antes de hacer la descarga (de modo que el browser identifique el mime-type).
Opciones para que eso suceda pueden ser:
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Estan enviando los headers manualmente y olvidaron enviar uno para el excel.
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Hay algo que esta saliendo antes y automaticamente PHP envia los headers validos para html en lugar de excel.
Como es que estan llevando adelante la descarga del archivo, tenes el codigo a mano?
Saludos