Es raro, el yui-compressor no hace nada mas misterioso que borrar espacios.
Si vos me decis que esta bien instalado tiene que ser algo muy obvio que se me está pasando.
El comando “yui-compressor” por atras hace esto
java -jar /usr/share/yui-compressor/yuicompressor-2.4.6.jar (puede cambiar la ruta y versión)
para sacar ruido proba asi, sin el encoding ni el -o
java -jar /usr/share/yui-compressor/yuicompressor-x.x.x.jar /usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.1/src/siu/operaciones/plan/info_plan/pagelet_info_plan.js
Si no hay problema con el path deberia escupir el archivo “comprimido” por pantalla.
Si falla copiame lo que hiciste y lo que te devolvio, con las rutas.