Hola German, efectivamente la carpeta de la instalación original es una copia que movimos a otro directorio ya que estamos moviendo el servicio a otro servidor y hacíamos pruebas sobre una imagen Docker.
Al hacer una copia al nuevo directorio nos aseguramos de cambiar las rutas de configuración de la instalación original en los .env correspondientes para simular que siempre estuvo instalado en esa ruta, pero nos dimos cuenta analizando el script de actualización, que al momento de migrar la base estaba tomando como directorio de la instalación original el declarado en el archivo instancia.ini y ahí todavía conservaba el path original, que casualmente es el mismo donde esta nuestra instalación nueva por eso intentaba actualizar de 4.7.2 a 4.7.2…
Es un poco confuso que tome de distintos lugares la ruta anterior cuando ya se la indico por consola al momento de actualizar, pero bueno logramos actualizar correctamente cambiando la ruta en el archivo mencionado.
Dejo la solución por si a alguien le pasa algo similar. Saludos