¿Estas consultan dan estos valores?
SELECT count() FROM mig.sga_eqdef_matrices; – da 2 ?
SELECT count() FROM sga_equiv_matrices; – da 0?
La tabla mig._cnv_pk_equiv_matrices tiene dos registros?
En el archivo 12_sga_equiv_matrices.sql hay una consulta, si la ejecutas devuelve las dos matrices que deberia migrar?
¿Sabes en que plan de estudios se utilizaban estas dos matrices de equivalencias?
¿Se estaban utilizando?
Podrian crearlas manualmente luego desde el sistema.