Capaz eso les da una mejor idea de que puede estar andando mal
Saludos!
P.D: Uno de los grandes problemas con compilar php, es que no tenera un “MAKE UNINSTALL” para cuando queres sacar una version, por lo que puede llevar a serios problemas
Se que paso mucho tiempo, pero contesto aca para dar por cerrado esto.
Como no pude solucionar los problemas de desinstalar todo lo que tenia de php y dejar mi sistema pelado, opte por levantar una maquina virtual con Debian Squeeze y asi instalarle todo con apt-get(que en esa version de debian, el apt-get instala la version 5.3 de php).
De todas formas agradezco toda la informacion que aportaron a este thread.