Se puede hacer una migración incremental o complementaria de distintas maneras.
Los registros migrados quedan en la tabla de migración con una marca de procesados, si no se borraron las tablas de migración o su contenido.
Alternativa 1) Completar las tablas de migración con los nuevos datos, verificando que los anteriores estén marcados como migrados.
Alternativa 2) Borrar los registros de las tablas de migración o borrar las tablas o renombrar las tablas y hacer una nueva migración.
En ambos casos hay que ver que la lógica de selección de los datos a migrar (para poblar las tablas) no incluya los datos ya migrados con anterioridad, sino solo los que se quieren migrar.
Yo he hecho esto múltiples veces, y con ambas alternativas según el caso.