Hola Emilio,
para personalizar un certificado o acta que se imprime utilizando jasper, lo correcto sería que generes una plantilla jrxml propia para el mismo.
Con los pasos que vos mencionás lo que estarías haciendo es comentar las líneas de código php en las que se pasan esos datos como parámetros a jasper, sin modificar la plantilla del Acta, lo cual además podría ocasionar problemas si esos parámetros no tienen algún valor default.
En principio, para eliminar los campos que no deseás que aparezcan en la impresión, la idea es que generes tu nueva plantilla jrxml, a partir de la original. Abriendo ese archivo con el iReports podrás eliminar los campos solicitados del cuerpo o encabezado para que no se muestren (sin modificar los parámetros). Luego guardás el archivo generado con el mismo nombre pero en tu carpeta de Personalizaciones: $toba_dir/proyectos/guarani/personalizaciones/exportaciones/jasper (ActaRegulares.jrxml). Por último deberás compilarla para generar el archivo .jasper que utiliza el sistema para la impresión de la misma.
Análogamente debería crearse el archivo personalizado para ActaPromociones.jrxml
Es decir, para este caso no es necesario la modificación de código php.
Por otro lado, si deseás agregar un dato a mostrar, entonces deberías agregar ese parámetro en la plantila jrxml y diseñar la visualización del mismo utilizando el iReports, en conjunto con todos los cambios anteriores.
Sin embargo en este caso sí necesitarás, adicionalmente, personalizar la clase php: php/operaciones/cursadas/actas/imprimir/ci_nav_imprimir_actas_comision.php, para incluir el pasaje de ese parámetro que estás agregando, con el valor correspondiente, modificando el método vista_jasperreports.
La modificación de esta clase php está incluida dentro del esquema normal de personalizaciones, ¿ustedes están trabajando con el mismo? Tengan en cuenta que no debería ocurrir en ningún caso que modifiquen archivos del sistema. Te dejo algunos links sobre personalizaciones que quizás te sirvan de ayuda: http://repositorio.siu.edu.ar/trac/Portal-G3/wiki/NotasTecnicas/trabajodiariopersonal http://repositorio.siu.edu.ar/trac/Portal-G3/wiki/NotasTecnicas/ejemplopersonalbasic