Buenas
Las clases repetidas te las informa para que sepas cuales son.
La realidad es que no interfieren en el normal funcionamiento de los sistemas, ya que las clases que se repiten son clases que son casi siempre componentes de toba y los mismos no se instancian
¿Nos pueden dar un poco más de información?, ¿En qué versión están? ¿Las personalizaciones son de 3w? ¿Qué tipo de personalización hicieron? ¿Como llegaron a ese inscructivo?
En general, para personalizaciones básicas, como por ejemplo el Logo, solo basta con seguir el flujo del siguiente diagrama
Siguendo los link de los cuadros azules:
Desarrollo de personalizaciones
Creación de una nueva versión propia (de cuatro dígitos) de SIU-Guaraní 3w
Actualización de SIU-Guaraní 3w a la versión 3.14.x en entorno de Producción
Por otro lado, los comando que utilizaron:
toba proyecto autoload -i desarrollo -p guarani
./guarani autoload
Son para ser utilizados por los desarrolladores del SIU y no por los de las Instituciones, como lo aclara la documentación. Y ese documento de Interconexión aclara como se consumen desde 3w las personalizaciones realizadas en Gestión ¿Están necesitando eso?