Hola Ana,
Si, la agregas de la siguiente forma en el php.ini:
java.pipe_dir=/usr/local/app/temp
Debe apuntar a un directorio con permisos de escritura y lectura para el usuario de Apache (www-data).
Si la directiva java.pipe_dir no esta definida toma por defecto la carpeta /dev/shm.
Ver jasper/JavaBridge/java/Java.inc at v5.6.1 · SIU-Toba/jasper · GitHub
saludos.