Buenas, dejo el problema y la solución que encontramos con el equipo técnico del siu, por si alguna universidad se encuentra con el mismo error.
Al intentar generar cualquier reporte con Jasper y la pantalla queda en blanco sin mostrar el pdf.
Hay que quitar la linea 23 del archivo /bin/pilaga_reportes,sh y agregar lo siguiente en esa misma linea:
DAEMON="/usr/bin/java -- -Djava.awt.headless=true -Duser.language=es -Duser.country=AR -jar $RUTA_JASPER SERVLET_LOCAL:$PUERTO $NIVEL_LOG $ARCHIVO_LOG"
Luego de esa corrección hay que reiniciar el Jasper.
Fuentes:
https://community.jaspersoft.com/wiki/error-when-running-reports-could-not-initialize-class
http://foro.comunidad.siu.edu.ar/index.php?topic=16054.0
Saludos!