Pareciera que el problema viene por esta consulta:
SELECT version
FROM app_versiones as a
GROUP BY a.version
HAVING max(a.fecha_actualiz) = (SELECT max(v.fecha_actualiz) FROM app_versiones v);
Podes correrla y verificar si esa es la que te da mas de una fila? Si es asi, pareciera que tuvieron algun problema al convertir la base, no deberia haber dos scripts con la misma fecha de actualización. es imposible lograrlo corriendo script por script.
SELECT *
FROM app_versiones as a
HAVING max(a.fecha_actualiz) = (SELECT max(v.fecha_actualiz) FROM app_versiones v);
No se quién estuvo jugando con la tabla app_versiones de la base de desarrollo, pero el error era el descrito (no una migración sino un insert/update en dicha tabla).