Hola Solange,
Por lo que veo tenes bien configurado en instalacion/config.php, lo único que cambiaría por las dudas es agregar la barra final en imagen_alumno_dir:
'imagen_alumno_dir' => '/usr/local/proyectos/g3w3/src/siu/www/_comp/_img_alumnos/',
'imagen_alumno_url' => 'http://localhost/ffyb/_comp/_img_alumnos',
En cuanto a los Warnings que arroja, por ahora no le prestes atención, a nosotros también nos muestra los mismos Warnings, pero igualmente crea las fotos.
Para volver a correrlo y que importe todas las fotos, debes pasar la opción -t al comando, seria:
./guarani importar_fotos des01 -t
Proba con eso, y fíjate si importa las fotos.
También revisa los permisos en la carpeta /usr/local/proyectos/g3w3/src/siu/www/_comp/, si el comando lo corres con sudo y las crea, entonces es un tema de permisos.
saludos.