Hola Andres, como estas?
preguntas:
¿esto les ocurre siempre o en casos aislados?
¿ustedes tienen personalizaciones? en tal caso deshabilitarlas y probar si funciona bien.
¿en el archivo instalacion/config.php que valores tienen en los parámetros sesion_timeout y sesion_maxtime?
¿que cache tienen configurada APC o Memcached?
te comento, esto pasa porque se vence la cache y no encuentra el dato requerido.
saludos.