Hola Diego, el comando para compilar recursos se corre sobre el 3W y es bin/guarani compilar_recursos, correlo como sudo por las dudas, al final te debería decir un mensaje como este:
..........................
fin de compresión
Masheando archivos
luego de esto, si tu archivo CSS esta en la carpeta src/pers/ejemplo_pers/operaciones/notas_cursada/renglones/pagelet_renglones.js, el archivo compilado debería quedar en src/siu/www/_comp/ejemplo_pers/operaciones/notas_cursada/renglones/pagelet_renglones.js.
Si corroboras lo anterior y no cargar dicho JS es por un tema de cache del navegador, abrí una ventana como incógnito y proba ahí.