Pilar, este tema de alumnos de una comision que quedan asignados a una acta de cursada o promocion de otra comisión fue solucionado por ticket #44979 en version 3.21.1.
Este problema se da si el usuario esta agregando alumnos a un acta en una comision y al finalizar vuelve al listado inicial de comisiones para selecionar otra comision y lo hace desde el boton volver del browser (flecha en el margen superior izquiero del browser).
¿Podes verificar con los usuarios que cargan notas en actas de cursadas si usan este boton del browser para retroceder en las pantallas de estas operaciones de cursadas? Si es asi, por favor avisar que no lo usen, sino usar el boton volver que se encuentra en la operacion; al menos hasta tanto no actualicen a version 3.21.1