se estan mezclando dos cosas en este caso, una es la estetica y la otra la funcionalidad.
Los checks a nivel de fila estan para informar al servidor de la seleccion de mas de una fila para un evento determinado.
Sacarlos implicaria que tenes que modificar la API JS del cuadro, para hallar otra manera de pasarle al servidor las claves seleccionadas.
Ademas, te quitaria flexibilidad para el caso en que quieras seleccionar alguno de los registros del corte nomas.
Lo que si podrias hacer, es haciendo uso de la API JS, usar el checkbox a nivel del Corte de Control para hacer una seleccion absolutista.
Para agregar el check en ese lugar, tendrias que extender el cuadro y redefinir el metodo que general el hml de los cortes de control,
recorda que ademas tenes que colocar una llamada JS, de manera que cuando se clickee se produzca el efecto toogle.