Desde el equipo de desarrollo no estamos usando Tomcat y por lo tanto no podemos darte soporte sobre cómo hacerlo funcionar. Entendemos que es posible, quizás un buen punto de partida sea consultar la página del proyecto PHP/Java Bridge: http://sourceforge.net/projects/php-java-bridge/.
Cualquier aporte el respecto será bienvenido para compartir con el resto de los usuarios del Foro.