Problemas con la codificación de caracteres

Hola @pgimperiale

¿esto te ocurre en los emails o en toda la aplicación?
¿desde Gestión o Autogestión?

Revisa este otro tema Error caracteres con tilde

Si lo hiciste desde Gestión operación Recuperar contraseña el CharSet de PHPMailer se setea en UTF-8.

¿que te devuelve la siguiente query? ¿se ve bien el mensaje?

SELECT	COALESCE(apex_msg.mensaje_customizable, apex_msg.mensaje_a) as mensaje, msg_tipo as tipo
FROM 	desarrollo.apex_msg
WHERE	UPPER(trim(apex_msg.indice)) = UPPER('800_email_recuperar_contrasenia_cuerpo')
AND 	apex_msg.proyecto = 'guarani';

En instalacion/bases.ini es encoding = “LATIN1” , en Autogestión no lo solemos configurar en instalacion/config.php.

En el Toba Editor tenes el logo de PHP a la derecha, si le haces click carga el phpinfo, revisa que las directivas estén bien.

saludos.
[size=1pt]2[/size]