Te faltaría el paso 3 de donde dice Configurar SIU-Guaraní Gestión de esta documentación.
Tenes que crear el archivo instalacion/saml_onelogin.ini en Gestión.
Si ya te funciona bien en 3W, entonces revisa el archivo instalacion/saml/settings.php de 3W, y en base a eso configuras instalacion/saml_onelogin.ini en Gestión.
[basicos]
atributo_usuario = usuario <===> lo sacas de 'saml_uid' en instalacion/login.php de 3W
permite_login_toba= 0 <===> 1 si queres permitir los dos tipos de login (SAML y TOBA), recomendamos 0.
[sp]
auth_source = default-sp
session.phpsession.cookiename = TOBA_SESSID
idp = <URL-IDP>/saml2/idp/metadata.php <===> lo sacas de 'idp' => 'entityId' en instalacion/saml/settings.php de 3W
proyecto_login = guarani
[idp:<URL-IDP>/saml2/idp/metadata.php] <===> lo sacas de 'idp' => 'entityId' en instalacion/saml/settings.php de 3W
name = Your IdP
SingleSignOnService = <URL-IDP>/saml2/idp/SSOService.php <===> lo sacas de 'idp' => 'singleSignOnService' => 'url' en instalacion/saml/settings.php de 3W
SingleLogoutService = <URL-IDP>/saml2/idp/SingleLogoutService.php <===> lo sacas de 'idp' => 'singleLogoutService' => 'url' en instalacion/saml/settings.php de 3W
certFile = <PATH-IDP>/cert/server.crt <===> Path al archivo donde esta el hash del certificado.