Hola, por lo que veo en los logs que me pasaste tenes que dar permisos de escritura a la carpeta /usr/local/proyectos/guarani2/3w/versiones/2.9.2/src/siu/www/_comp/, ya que no se esta pudiendo escribir en ella.
En cuanto a las versiones de Apache y PHP, recomendamos utilizar las que dice el instructivo, ya que el software fue testeado con esas versiones, no sabemos si con otras funciona bien.
Ya había probado cambiar los permisos y darle de escriturar en todo el proyecto, y no funciono, es mas me canse en un momento y le di 777 a la carpeta proyectos y nada, es algo del SO pero no se porque.
Probé tratar de instalarlo con otro usuario y es peor ya que no me permite ni llamar al yui.
Sobre que SO lo instalaron, Ubuntu?
Voy a probar sacar el proyecto y ponerlo en la carpeta de apache capaz que ahí no grita.
Despues te cuento
Hola Leonel, cambie de plataforma e instale todo en debian 7, ya quedo funcionando aunque aun no la he probado pero compilo los recursos y migro las claves correctamente.